אנה פרנק נולדה בעיר הגרמנית פרנקפורט על המיין בשנת 1929. אחותה, מרגוט, הייתה מבוגרת ממנה בשלוש שנים. שיעור האבטלה בגרמניה היה גבוה והעוני כבד. בתקופה זו גרפו אדולף היטלר ומפלגתו קהל תומכים הולך וגדל. היטלר שנא את היהודים והאשים אותם בכל הבעיות שהיו קיימות במדינה. הוא ניצל את הרגשות האנטישמיים שנפוצו בגרמניה. בגלל השנאה ליהודים והמצב הכלכלי הקשה החליטו אוטו ואדית פרנק, הוריה של אנה, להעתיק את מגוריהם לאמסטרדם, שבה הקים אוטו חברה לסחר בפקטין, חומר מקריש להכנת ריבה.
עד מהרה אנה הרגישה בהולנד כבביתה. היא למדה את השפה, מצאה חברות חדשות ולמדה בבית ספר הולנדי הסמוך למקום מגוריה. אביה עבד קשה כדי לקדם, ולו במעט, את העסק שלו, אך לא היה לו קל. אוטו גם ניסה להקים עסק באנגליה, אך התוכנית לא יצאה לפועל. מצבו החל להשתפר כאשר החל למכור צמחי מרפא ותבלינים, בנוסף לפקטין.
ב-1 בספטמבר 1939, כאשר מלאו לאנה 10 שנים, פלשה גרמניה הנאצית לפולין, ומלחמת העולם השנייה החלה. כעבור זמן מה, ב-10 במאי 1940, פלשו הנאצים להולנד וכעבור חמישה ימים נכנע הצבא ההולנדי. במרוצת הזמן, חוקקו הנאצים יותר ויותר חוקים ותקנות שהקשו על חייהם של היהודים. נאסר על היהודים לבקר בפארקים, בבתי קולנוע, ובחנויות שאינן שייכות ליהודים. על פי חוקים אלה, מספר המקומות שבהם יכלה אנה לבקר הלך והצטמצם. החברה של אביה הופקעה מידיו, מכיוון שנאסר על היהודים לנהל עסק משלהם. כל הילדים היהודיים, ואנה ביניהם, נאלצו ללמוד בבתי ספר יהודיים נפרדים.
הנאצים הערימו עוד ועוד קשיים. יהודים נאלצו להתחיל לענוד על בגדיהם את הטלאי הצהוב בצורת מגן דוד, ונפוצו שמועות שכל היהודים צריכים לעזוב את הולנד. כשב-5 ביולי 1942 קיבלה מרגוט הוראה להתייצב במה שנקרא 'מחנה עבודה' בגרמניה הנאצית, הוריה החלו לחשוד. הם הטילו ספק בכך שמדובר בעבודה והחליטו להסתתר במחבוא כבר למחרת כדי להינצל מרדיפה.
באביב שנת 1942, החל אביה של אנה לארגן מקום מסתור באגף הנסתר של העסק שלו ברחוב פרינסנחראכט 263. עמיתיו לעבודה שלו לשעבר הושיטו לו עזרה.
זמן קצר לאחר מכן, הצטרפו אליהם ארבעה אנשים נוספים . מקום המסתור היה צפוף מאוד. אנה הייתה צריכה להיות בשקט ופעמים רבות היא פחדה מאוד.
ביום הולדתה ה-13, ממש לפני כנסתם למחבוא, אנה קיבלה במתנה יומן. בשנתיים שבמהלכן שהתה במחבוא אנה כתבה על אירועים באגף הנסתר, בנוסף כתבה גם על מחשבותיה ועל רגשותיה. בנוסף לכך, היא כתבה סיפורים קצרים, החלה לכתוב רומן והעתיקה קטעים מהספרים שהיא קראה ל"ספר המשפטים היפים" שלה. הכתיבה עזרה לה להעביר את הזמן.
בהשראתו של שר החינוך של ממשלת הולנד הגולה באנגליה, אשר ביקש ברדיו אורנג' לשמור יומני מלחמה ומסמכים, החליטה אנה לאחד את יומניה לסיפור אחד רצוף ושלם בשם Het Achterhuis (האגף הנסתר).
אנה החלה לכתוב את יומנה מחדש, אך ב-4 באוגוסט 1944, בטרם סיימה לכתוב אותו, גילו שוטרים את מקום המחבוא ועצרו אותה יחד עם דיירי המחבוא האחרים. המשטרה עצרה גם שני עוזרים. עד עצם היום הזה לא ברור מה הביא לפשיטת המשטרה.
למרות הפשיטה, חלק מכתביה של אנה נשמרו בזכות העובדה ששני עוזרים אחרים לקחו את המסמכים לפני שהאגף הנסתר רוקן בפקודת הנאצים.
דרך מטה הסיחרהייטסדינסט (שרות הביטחון הגרמני) הכלא באמסטרדם ומחנה המעבר ווסטרבורק, הועברו דיירי האגף הנסתר בטרנספורט למחנה הריכוז וההשמדה אושוויץ-בירקנאו. הנסיעה ברכבת נמשכה שלושה ימים, ואנה ועוד למעלה מאלף איש נדחסים יחד בקרונות בקר. מעט מאוד מזון ומים היו שם, ו רק דלי קטן ששימש כשירותים.
עם הגעתם לאושוויץ, בדקו רופאים נאצים מי יהיה ומי לא יהיה מסוגל לבצע עבודות כפייה. כ-350 איש מהטרנספורט של אנה נלקחו מיד לתאי הגזים שבהם נרצחו. אנה, אחותה מרגוט ואימן נשלחו למחנה העבודה לנשים. אוטו הועבר למחנה לגברים.
בתחילת נובמבר 1944 שוב הועלתה אנה על טרנספורט. היא גורשה יחד עם מרגוט למחנה הריכוז ברגן-בלזן. הוריהן נשאר באושוויץ. גם בברגן-בלזן התנאים היו נוראים: היה מחסור במזון, היה קר ורטוב והתפשטו מחלות מדבקות. אנה ואחותה חלו במחלת הטיפוס. בפברואר 1945 מתו שתיהן כתוצאה מהמחלה, ראשית מרגוט וזמן קצר לאחר מכן גם אנה.
מכל דיירי האגף הנסתר רק אוטו, אביה של אנה, שרד את המלחמה. הוא שוחרר מאושוויץ על ידי הרוסים ובדרכו הארוכה חזרה להולנד נודע לו שאשתו אדית נפטרה. בהולנד נודע לו שגם אנה ומרגוט אינן עוד בחיים.
דפי יומנה של אנה הותירו רושם חזק על אוטו. הוא קרא שאנה רצתה להיות סופרת או עיתונאית ושחלמה להוציא לאור את סיפוריה על החיים באגף הנסתר. חברים שכנעו את אוטו להוציא לאור את היומן וב-25 ביוני 1947 הודפסו 3000 עותקים של Het Achterhuis (האגף הנסתר).
וזה עוד לא הכול: הספר תורגם לכ-70 שפות, עובד להצגת תיאטרון ול סרט קולנוע. בכל העולם נחשפו אנשים לסיפורה של אנה ובשנת 1960 הפך האגף הנסתר למוזיאון: בית אנה פרנק. עד מותו ב-1980 נשאר אוטו מעורב מאוד בקרן אנה פרנק ובמוזיאון: הוא קיווה שקוראי היומן יהיו מודעים לסכנות האפלייה, הגזענות ושנאת היהודים.